Em 2002, se engajou na Pastoral da Saúde da Santa Casa da Misericórdia, grupo que visitava doentes aos domingos, onde permaneceu até sua morte.

Guido Schäffer já é considerado pela igreja um servo de Deus, primeiro título que se recebe num processo de canonização, e agora foi reconhecido como venerável, quando a pessoa viveu as virtudes cristãs de forma heroica.

O terceiro título é o de beato, quando se comprova a existência de um milagre obtido pela sua intercessão; e o último e mais importante é o de santo, quando um segundo milagre é identificado.

Os relatos de milagres atribuídos a Guido têm aumentado nos últimos anos. Um deles envolve o cardiologista Bernardo Amorim, que teve o corpo paralisado por uma doença nervosa e se recuperou muito antes do previsto pelos médicos - a mãe dele atribui a cura às orações que fez a Guido.

Outros casos atribuídos ao seminarista envolvem, por exemplo, uma freira que se livrou de diabetes, uma criança que sobreviveu a uma hipotermia e uma dona de casa, cujo filho foi amigo de Guido, que relata que as orações dirigidas ao jovem fizeram com que seu marido superasse uma grave crise de diverticulite sem cirurgia.

Partes da memória de Guido Schäffer estão espalhadas pelo Rio de Janeiro. O trecho de cerca de 140 metros de praia onde ele costumava surfar, no Recreio dos Bandeirantes, e onde sofreu o acidente fatal, passou oficialmente a se chamar Praia do Guido em 2018.

Em março de 2019, um memorial em homenagem a Guido foi inaugurado no Centro do Rio.